1949年底，酉阳县划为6个区、4个镇、40个乡。1952年全县划为22个区时，将3、7、9、11区的15个乡划入黔江县，即：两河、龙田、犁弯、早化、官庄、濯水、濯西、冯家、水市、联合、鹅池、学堂、沙石、太极等15个乡。玉屏乡划入秀山县。秀山县江口镇（今龙潭镇江丰村）划入酉阳县。1955年，改序数区为地名区，全县划为10个区、3个镇、75个乡。1958年将乡更名为公社。1961年增设沙滩、新溪、泡木3个公社，全县共78个公社。1983年，经报请国务院批准，设立酉阳土家族苗族自治县，撤销酉阳县，其行政区域不变。自治县人民政府驻地钟多镇，仍隶属于涪陵地区，是年，将全自治县78个公社更名为乡，钟多公社并入钟多镇，龙潭、龚滩两个公社改为镇。将大队更名为村，生产队更名为村民小组，街道仍为居民委员会。自治县新置南龙、涂市、花田3个乡。区辖属变更：黑水区的腴地乡、兴隆区的车田乡划归麻旺区管辖，麻旺区的银岭乡划归钟多区管辖。全县共有12个区、一个区级镇，78个乡，两个乡级镇，727个村，14个居民委员会。

1988年5月18日，国务院行文批复四川省政府《关于设立四川省黔江地区的请示》，批复同意设立黔江地区。酉阳土家族苗族自治县隶属黔江地区。1994年，撤销全自治县的区委、区公所，新组建党的工作委员会。1996年，重庆市受四川省委托代管万县市、涪陵地区和黔江地区，酉阳土家族苗族自治县隶属于重庆市黔江地区。1997年3月14日，八届全国人民代表大会第五次会议通过了国务院关于设立重庆直辖市的议案，酉阳土家族苗族自治县正式隶属于重庆直辖市黔江地区。1998年2月下旬，经中共中央、国务院批准，撤销黔江地区，设立重庆市黔江开发区，开发区设置党工委和管委会，为重庆市委、市政府的派出机构，代管石柱、秀山、酉阳、彭水、黔江5个自治县，酉阳土家族苗族自治县隶属于重庆市黔江开发区。2000年6月25日，根据《国务院关于同意重庆市撤销万州移民开发区和黔江开发区以及撤销黔江土家族苗族自治县，设立黔江区的批复》，原黔江开发区代管的秀山、彭水、石柱、酉阳4个自治县由重庆市直接管理，酉阳土家族苗族自治县直接隶属重庆中央直辖市。2001年行政机构改革，撤区并乡建镇，下辖桃花源、钟多2个街道，龙潭、麻旺、酉酬、大溪、兴隆、黑水、丁市、龚滩、李溪、泔溪、酉水河、苍岭、小河、板溪14 个建制镇和涂市、铜鼓、万木、 南腰界、五福、可大、偏柏、木叶、毛坝、花田、后坪、天馆、宜居、两罾、板桥、官清、车田、腴地、清泉、庙溪、浪坪、双泉、楠木23个乡，278 个行政村（含8个社区）。2018年2月5日，根据《重庆市人民政府关于酉阳土家族苗族自治县万木乡等五个乡撤乡设镇的批复》，撤销涂市乡、铜鼓乡、万木乡、南腰界乡、五福乡，设立涂市镇、铜鼓镇、万木镇、 南腰界镇、五福镇。调整后，酉阳土家族苗族自治县辖2个街道、19个镇、18个乡。