《制度》由正文和附录两部分组成。

正文共八章七十条。第一章总则共十六条，主要阐述了《制度》的制定目的和制定依据、适用范围、会计基础、会计信息质量要求等总体要求。第二章至第五章共四十四条，主要结合农村集体经济组织主要生产经营活动，对资产、负债、所有者权益以及成本、收入和费用等会计要素的确认和计量作出规范。第六章收益及收益分配共三条，主要对农村集体经济组织收益的形成和分配等会计处理作出规范。第七章财务会计报告共五条，主要对农村集体经济组织会计报表类型、会计报表附注、编制要求、以及会计政策、会计估计变更和差错更正等作出规范。第八章附则共两条，主要规范施行日期以及与原制度的衔接问题，并对农村集体经济组织会计基础工作、会计档案管理等工作提出原则要求。

附录共两部分，分别为会计科目及编制说明、会计报表格式及编制说明。会计科目及编制说明部分，主要明确了42个会计科目的具体设置、核算内容和主要账务处理。会计报表格式及编制说明部分，主要明确了资产负债表、收益及收益分配表的格式及编制说明，以及会计报表附注内容及编制说明等。