《生态环境行政处罚办法》在文件名称、适用范围、框架结构、具体内容上都进行了修改。

在文件名称上，由《环境行政处罚办法》改为《生态环境行政处罚办法》。

在适用范围上，新增了核与辐射领域。《环境行政处罚办法》规定“核安全监督管理的行政处罚，按照国家有关核安全监督管理的规定执行。”此次修订删除了该条，《处罚办法》生效后，适用范围也包含核与辐射领域的行政处罚。

在框架结构上，修订后《处罚办法》条款数目由原来的82条增加至92条，整体框架不变，仍为八个章节。其中遵照行政处罚法的修改将第三章“一般程序”改为“普通程序”，同时依据行政处罚案件办理流程，按立案、调查取证、案件审查、告知和听证、法制审核和集体讨论、决定、信息公开的顺序进行分节规定。

在具体内容上，一是修改完善处罚种类。依据行政处罚法对于行政处罚定义和种类的规定，同时梳理了现行生态环境保护法律法规规定，完善了生态环境行政处罚的种类。二是修改完善调查取证的相关规定。细化自动监测数据的应用要求，突出标记规则的重要作用。增加了调查中止和调查终止的情形规定，将其与调查终结情形加以区分。三是完善行政处罚裁量权的相关规定。根据行政处罚法规定，完善了不予处罚的情形，增加了从轻或者减轻处罚的情形。四是规范和细化行政处罚的程序。新增应当组织听证的条件和听证的程序要求，明确重大执法决定法制审核的范围、审核内容以及审核意见，对重大案件集体讨论的范围进行细化。五是补充增加行政处罚信息公开的内容。在第三章“普通程序”中单独增加“信息公开”一节，对公开的主体、公开的内容、不予公开的情形、隐私保护、公开的期限、公开撤回等内容进行细化规定。六是修改相关时限和罚款数额。根据行政处罚法规定，综合考虑现行法律法规有关罚款数额的规定以及生态环境行政执法工作实际，对立案时限、作出处罚决定的时限、适用简易程序的处罚金额、较大数额罚款等时限和数额作出了调整。